La Direction Générale de la Statistique a été créée dès l’indépendance en 1958 et rattachée au Ministère du Plan et de la Statistique. La structure a été  renforcée au début des années soixante avec la mise en œuvre du premier Plan Triennal de Développement Économique et Social (1960 – 1963).
A partir de 1981, la Direction Générale de la Statistique a fusionné avec la Direction Générale du Plan pour constituer la Direction Générale du Plan et de la Statistique, sous la tutelle de la Primature. En même temps, un Centre National d’Informatique et de Gestion (CNIG)  a vu le jour avec rang de Direction Générale de l’Administration Publique.
A partir de 1986, la séparation a lieu entre les deux Directions.
En 1988, la Direction Générale de la Statistique absorbe le CNIG pour constituer la Direction Nationale de la Statistique et de l’Informatique (DNSI). Au fil des années, la DNSI a été placée sous la tutelle, soit du Ministère de l’Économie, des Finances et du Plan, soit du Ministère du Plan et de la Coopération, au gré des changements intervenant dans la structure gouvernementale.
La Direction Nationale de la Statistique (DNS) a été créée par le décret N°97/063/PRG/SGG du 5 mai 1997. C’est  une administration centrale, placée sous la tutelle du Ministère  du Plan.
Le 10 mai 2010, la Direction Nationale de la Statistique (DNS) a été érigée en Institut National de la Statistique par le décret N°078/PRG/CNDD /SGG du 10 mai 2010.